CNN-PROMOTER, NEW CONSENSUS PROMOTER PREDICTION PROGRAM BASED ON NEURAL NETWORKS

Óscar Bedoya, Santiago Bustamante

Resumen


A new promoter prediction program called CNN-Promoter is presented. CNN-Promoter allows DNA sequences to be submitted and predicts them as promoter or non-promoter. Several methods have been developed to predict the promoter regions of genomes in eukaryotic organisms including algorithms based on Markov’s models, decision trees, and statistical methods. Although there are plenty of programs proposed, there is still a need to improve the sensitivity and specificity values. In this paper, a new program is proposed; it is based on the consensus strategy of using experts to make a better prediction. The consensus strategy is developed by using neural networks. During the training process, the sensitivity and specificity were 100 % and during the test process the model reaches a sensitivity of 74.5 % and a specificity of 82.7 %.

Abstract: En este artículo se presenta un programa nuevo para la predicción de promotores llamado CNN--Promoter, que toma como entrada secuencias de ADN y las clasifica como promotor o no promotor. Se han desarrollado diversos métodos para predecir las regiones promotoras en organismos eucariotas, muchos de los cuales se basan en modelos de Markov, árboles de decisión y métodos estadísticos. A pesar de la variedad de programas existentes para la predicción de promotores, se necesita aún mejorar los valores de sensibilidad y especificidad. Se propone un nuevo programa que se basa en la estrategia de mezcla de expertos usando redes neuronales. Los resultados obtenidos en las pruebas alcanzan valores de sensibilidad y especificidad de 100 % en el entrenamiento y de 74,5 % de sensibilidad y 82,7 % de especificidad en los conjuntos de validación y prueba.


Palabras clave


promoter prediction; neural networks; consensus strategy. Palabras clave: predicción de promotores; redes neuronales; estrategia de consenso.

Texto completo:

PDF


DOI: https://doi.org/10.24050/reia.v8i15.253

Métricas de artículo

Vistas de resumen
99




Cargando métricas ...

Enlaces refback

  • No hay ningún enlace refback.




Copyright (c)






 

 

 

 

 

UNIVERSIDAD EIA

Sede de Las Palmas: Km 2 + 200 Vía al Aeropuerto José María Córdova Envigado, Colombia. Código Postal: 055428
Tel: (574) 354 90 90. Fax: (574) 386 11 60

Sede de Zúñiga: Calle 25 Sur 42-73 Envigado, Colombia. Código Postal: 055420
Tel: (574) 354 90 90. Fax: (574) 331 34 78
NIT: 890.983.722-6

Sistema OJS - Metabiblioteca |